電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。水平板狀電泳槽大多通過間接方式，用濾紙橋搭接 以及最近使用緩沖液制作的凝膠條和濾紙條搭接，即半干技術，后種方式使裝置簡化，操作也大大方便。
那么在清洗電泳槽之前，首先有兩點需要注意。第一點是陽極電解槽和陽極管罩在清洗時不應安裝上，第二點是應先將超濾系統關閉。
清洗步驟說明
1）使用檢漏中所使用的水將電泳槽重新灌滿；
2）加入堿性脫脂劑（如：氫氧化鉀），濃度約為1.5-2.0%，pH為12.0-14.0；
3）啟動循環泵，使溶液循環24小時；
4）在24小時的循環中，使所有的閥門啟、閉數次，這樣可使閥門中所可能積存的碎屑雜物去除掉；
5）在脫脂液循環24小時后，將它轉移到下一個需要清洗的最大的浸漬槽中。在脫脂液泵送出電泳槽時，隨著溶液液面的降低，要用自來水沖洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自來水沖洗。沖洗后排空電泳槽中的液體到浸漬槽中作清洗用；
6）用新的自來水將電泳槽再次注滿；
7）開動循環泵；
8）用醋酸將槽中水的pH調整到6.0-7.0，將調整好pH的水循環24小時。循環后的水也要像以前脫脂清洗溶液一樣依次利用作清洗以后的各槽；
9）將調節好pH的水依次轉移入其余各槽作清洗；
10）在將調節好pH的水泵送移出電泳槽時，隨著液位的降低，要用自來水沖洗槽壁，泵的堰箱的箱壁也要用自來水沖洗。然后，排空電泳槽中的水到其它浸漬槽中作清洗用；
11）向電泳槽的泵的堰箱中灌注去離子水，啟動泵，用去離子水沖洗管道，將此步驟重復3-4次。
12）將其它浸漬槽和噴淋槽重復上述各清洗步驟，同時要依次清洗好浸漬水洗、噴淋水洗、涂料輸送系統、涂料貯槽、超濾貯箱等的清洗；
13）在作完所有槽子和系統的清洗后的脫脂液和調整pH的水要送到廢水處理系統作廢水處理；
14）檢查去離子水的電導，如果低于25us/cm，取水樣作檢查（縮孔試驗）批準，確認系統是否已清洗干凈，最后準備補加涂料至電泳槽內。
